Основная задача: реализация государственных программ в области санитарно-эпидемиологического благополучия населения, реализация приоритетных направлений и основных задач в области государственного санитарного надзора, определенных Президентом и Правительством Республики Беларусь, Министерством здравоохранения Республики Беларусь, Главным государственным санитарным врачом Республики Беларусь, в том числе с учётом складывающейся санитарно-эпидемиологической обстановки.